Quatorze garçons âgés de huit à quatorze ans, tous pensionnaires d'un collège de Nouvelle-Zélande nommé « Chairman », se retrouvent sur le Sloughi qui dérive et fait rapidement naufrage sur une île déserte du Pacifique. Peu à peu, en compagnie d'un jeune mousse, seul membre restant de l'équipage du navire, leur vie s'organise et s'améliore, mais des rivalités se font de plus en plus sentir dans la communauté des quinze rescapés. Une scission est sur le point d'avoir lieu quand des bandits abordent le rivage, obligeant les enfants à utiliser toute leur force de cohésion pour les affronter. Ceux-ci arrivent sur l'île le 10 mars 1860 et en repartent le 5 février 1862, d'où le titre de Deux Ans de vacances. Ils atteignent Auckland, en Nouvelle-Zélande, le 25 février 1862.
Jules Verne se lance dans l'écriture de ce roman car son projet est de « parfaire le cycle » des robinsonnades : « Il restait à montrer une troupe d'enfants de huit à treize ans, abandonnés dans une île, luttant pour la vie au milieu des passions entretenues par les différences de nationalité. ».